Нормальные микроорганизмы кишечника помогают извлекать энергию и питательные вещества из пищи, расщепляя те вещества, которые организм человека сам расщепить не может.

Это позволяет человеку извлекать выгоду из более широкого круга продуктов питания. Как и микробные сообщества других локализаций в теле человека, кишечная микрофлора защищает от болезнетворных микроорганизмов и находится в постоянной связи с иммунной системой, «обучая» её. И, наконец, кишечная микрофлора имеет комплексное воздействие на обмен веществ в человеческом организме.

Изменения в составе микробиома кишечника по данным клинических исследований связывают с рядом заболеваний, например, воспалительными заболеваниями кишечника, псевдомембранозным колитом и даже с диабетом и ожирением. В большинстве случаев конкретные механизмы воздействия еще не достаточно изучены, однако наиболее вероятно, что бактерии, заселяющие кишечник, чрезвычайно активны в плане жизнедеятельности, они секретируют различные химические соединения, которые через стенку кишечника проникают в кровь и циркулируют по всему организму, а значит, могут оказывать влияние даже на сон, настроение и поведение человека.